あらすじ

◆旧ミルチア市街

　T.C.4753　十四年前。旧ミルチア。
　ケイオスとカナンはとある非公式の作戦に参加した。
　その作戦の目的はU.R.T.V.と呼ばれる
　生体兵器たちを保護することだった。
　対U-TIC機関兵器への決定的な切り札U.R.TV.。
　ゾヘルのエネルギーを無効化できる彼らは
　同時にゾヘルの暴走を誘発してしまう可能性が
　あるという大きな危険をはらんでいた。
　最悪の事態を未然に防ぐべく、
　二人が操るE.S.アシェルが瓦礫の街を進む。

◆旧ミルチア市街

　T.C.4753　十四年前。旧ミルチア。
　ケイオスとカナンはとある非公式の作戦に参加した。
　その作戦の目的はU.R.T.V.と呼ばれる
　生体兵器たちを保護することだった。
　作戦も半ば、瓦礫の街を進む二人の前に
　突如として巨大な光の柱が立ち上る。
　そして鳴り響く怪しげな歌、ネビリムの歌声。
　歌声に錯乱した味方の攻撃を受け苦戦する二人。
　その危機を救ったのはジンという名の黒髪の男だった。
　三人はしばらくの間、同行することにする。

◆第２ミルチア

　T.C.4753　十四年前。旧ミルチア。
　ケイオスとカナンはとある非公式の作戦に参加した。
　作戦も半ば二人は単身で暴徒と戦う黒髪の男
　ジン・ウヅキと出会い、しばらくの間同行することに。
　目的地へ向かう途中、一行はジンの上官である
　マーグリスと戦うことになる。
　マーグリスに手傷を負わせたジンだったが、
　しかし自分自身も傷を受けてしまう。
　ジンは自らが入手した極秘データをカナンに託し、
　その場を去る。

◆スペースポート

　T.C.4767　現在。
　幾多の試練を乗り越え、
　遂に第二ミルチアの大地に降り立ったシオン達。
　各々の目的を果たす為、面々はスペースボードにて
　ひとまず別れることに。
　シオンはアレンと共にKOS-MOSを引き渡しに
　ヴェクター開発二局へ。
　Jr.とジギーは、モモに封印されたY資料の
　解析の為、ヘルマーのいる市庁舎へ向かう事に。
　ケイオスもJr.達に同行することにする。

◆第２ミルチア

　第二ミルチアのスペースポートでシオンと
　別れたJr.は、モモに封印されたY資料の解析の為、
　ジギー、ケイオスと共にヘルマーの元に向かう。
　しかし道中のハイウェイにて突如現れた
　謎の組織の機動兵器に強襲される。
　必死で応戦するJr.達であったが
　次第に不利な局面に追い込まれてしまう。
　一行はJr.の判断により、
　反撃のチャンスを掴むべくポイント2089、
　第二ミルチア防御基地へ急ぐことに。

◆第２ミルチア市街

　ヴェクター開発二局に無事
　KOS-MOSを引き渡したシオンとアレン、
　ここでかつてケビンが設計したという新装備が
　KOS-MOSに施されることになるという。
　しかしそれはあまりにも強力な
　対グノーシス用の特殊兵器だった。
　上層部は新たなグノーシスの出現を想定しているのか？
　漠然とした不安に駈られるシオン。
　二局を後にしたシオンは久しぶりに
　第二ミルチアの街へ足を向けてみることにする。